Em 2017, o Vaticano estabeleceu uma Visita Apostólica dos Arautos do Evangelho sob a supervisão da Congregação para os Institutos de Vida Consagrada e Sociedades de Vida Apostólica.
Essa visita revelou deficiências no estilo de governo, vida dos membros, cuidado pastoral das vocações, formação de novas vocações, administração das obras e captação de recursos. Monsenhor João Clá deixou o cargo de Superior Geral em 12 de junho de 2017, mas continuou a ser considerado “pai” dos Arautos.
Durante a investigação, veio à tona um vídeo apresentado por Andrea Tornielli, no jornal italiano La Stampa, que mostrava membros dos Arautos do Evangelho ouvindo uma descrição de um “exorcismo”. Os Arautos afirmaram que o vídeo era antigo e vazado de maneira inadequada. Eles garantiram que todas as medidas apropriadas foram tomadas de acordo com o Direito Canônico e a teologia católica.
Em junho de 2021, o Vaticano determinou o fechamento dos colégios dos Arautos do Evangelho após o término do ano letivo, citando disciplina excessivamente rígida e falta de contato suficiente entre os alunos e suas famílias. A medida tinha o objetivo de permitir o relacionamento necessário com as famílias e prevenir possíveis abusos de consciência e plágio contra menores. No entanto, os Arautos afirmaram que seus colégios são instituições civis e autônomas, submetidas à autorização e avaliação de qualidade pelo poder público, não pelo poder eclesiástico, e contestaram o poder do Vaticano para fechar as instituições de ensino.
Além disso, o grupo religioso está sendo investigado pelo Vaticano em Portugal. O Ministério Público também abriu uma investigação em 2019 após a divulgação de vídeos que mostravam supostos casos de exorcismo e agressões de João Clá a crianças. Ex-internas também denunciaram casos de afastamento da família, abusos sexuais, estupros, racismo e exploração de adolescentes para arrecadação de dinheiro nas ruas. A polícia concluiu que não há indícios de estupro, mas as denúncias continuam sendo investigadas. Reportagens anteriores já haviam relatado abusos físicos e psicológicos semelhantes.
Em abril de 2022, a Justiça de São Paulo determinou que todas as crianças e adolescentes que estudam em regime de internato nas escolas do grupo retornassem para casa até julho, após denúncias de humilhações, tortura, assédio e estupro. No entanto, em maio de 2022, o Tribunal de Justiça de São Paulo considerou que não havia provas suficientes e revogou a decisão anterior.